61-vjeçari kaloi 30 vjet në arrati përpara se të arrestohej në janar. Ai po trajtohej për kancer në një klinikë private kur u vendos në pranga. Më pas gjendja e tij shëndetësore u rëndua duke bërë që autoritetet ta zhvendosnin nga qelia në spital.
Denaro akuzohej si përgjegjës për shumë vrasje. Ai u gjykua dhe u dënua me burgim të përjetshëm në mungesë në vitin 2002 për disa krime duke përfshirë edhe pjesëmarrjen në vrasjen e prokurorëve anti-mafia në vitin 1992, Giovanni Falcone dhe Paolo Borsellino.
Dikur ai mburrej se mund të “mbushte një varrezë” me viktimat e tij. Ai akuzohej gjithashtu për shantazhe, pastrim të parave dhe trafik drogës në favor të organizatës Cosa Nostra.
Edhe pse në arrati që nga viti 1993, Messina Denaro mendohej se ende u jepte urdhra vartësve të tij nga vende të ndryshme sekrete. Shpesh ishte etiketuar si “sekreti i fundit” i Cosa Nostra pasi besohej se ai kishte emrat e lidhjeve të mafias me politikën dhe drejtësinë.